牟尼庵位于祝圣寺以西半里处的小山脊上，南临玉龙瀑布，西临一条山涧。由于地理位置原因，牟尼庵自古就是去玉龙瀑布和上山朝拜的必经之地，因此在有关鸡足山的许多古代游记中都可以见到“茶房”或“牟尼庵”这样的字眼。

据有关史料记载，明代嘉靖年间(公元1522年～1565年)，有一位僧人看见许多上山朝拜或是前来观瀑者，都走得口干舌燥，便在玉龙瀑布的小山脊上修建茅庵，向人施舍茶水，因此也就有了“茶房”的名声。后来茶房遭遇火灾，有个叫杨周的人改建为牟尼庵，并请来一个叫智空的僧人做住持，于是又有了“牟尼庵”的名声。杨升庵、李元阳等云南古代知名学者曾在牟尼庵客居过。

据民间传说，牟尼庵所在之地原来象一个圆印，是释迦牟尼分身在此打坐所留遗址，是释迦牟尼曾经念佛修行的净地，因此在此修建的庵理所当然叫牟尼庵。

在有关鸡足山的明代游记文章中，提到“茶房”二字的有两篇同题文章。一篇是被称为滇七之一的李元阳写的《游鸡足山记》，另一篇是在云南为官(云南左布政使)的江苏省昆山籍人周复俊所写的《游鸡足山记》。李元阳游鸡足山的时间是公元1546年的夏天，周复俊所游的时间是公元1554年6月。而八十多年后的公元1639年正月，大旅行家徐霞客游鸡足山时，曾两次观赏玉龙瀑布，也两次提到牟尼庵，可见由“茶房”到“牟尼庵”的说法是真实的。

对于牟尼庵，有关史料还载有一个“茶房失火，殃及诗文”的故事。故事说的是因上书顶撞嘉靖皇帝而被流放到云南永昌(今保山)的杨升庵(名杨慎，字用修，号升庵)，相约永昌的朋友张含同游鸡足山，杨升庵先启程到鸡足山茶房等候朋友，结果朋友失约，便决定长住茶房，编写《鸡足山志》并尽情撰写诗文。不幸的是不久茶房失火，诗文被焚，杨慎只得怅然而去，走前还在残墙上写下一首诗：“方知太古淳然在，自悔文章一画多。漫拨雪中消焰烬，寻思议礼竟如何?”

在岁月长河中，牟尼庵曾数次遭火灾，但又数次得到很快重建。解放后，人民政府曾分别在1952年和1963年两次拨款修缮，“文化大革命”则遭致人为的彻底破坏，至今只重建有平房两间，大殿还有待于恢复。

牟尼庵虽历遭火灾和后来“文革”的人为大破坏，但万幸的是有一棵叫牟尼柏的柏树被保存了下来，因此今天的游人可以尽情观赏这棵又名三会柏的奇树丰姿。这棵同根分三干的柏树，奇就奇在每干枝上，都长出三样不同的叶子，游人可以很清楚地分辨出它们分别是扁柏叶、圆柏叶和刺柏叶。植物学家曾作过多次培植，但均未成功。这棵奇柏的树龄不详。

牟尼庵位于祝圣寺以西半里处的小山脊上，南临玉龙瀑布，西临一条山涧。由于地理位置原因，牟尼庵自古就是去玉龙瀑布和上山朝拜的必经之地，因此在有关鸡足山的许多古代游记中都可以见到“茶房”或“牟尼庵”这样的字眼。

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